一是排放權發放超過實際排放量問題。例如，在2005 年，所發放的排放權超過實際排放量4%，沒有一個產業的排放權處于短缺狀態，鋼鐵、造紙、陶瓷和廚具部門的排放權發放量甚至超過實際排放量的20%。排放權總量過多，導致排放權價格下降，環境約束軟化，企業失去采取措施降低二氧化碳排放的積極性。針對這個問題，歐盟在排放體系實施的第二階段，下調了年排放權總量。調整后的年排放權平均比2005 年低6%。

二是排放權免費分配問題。第一階段排放權是免費發放給企業的，并且電力行業發放過多，結果電力行業并沒有用排放權抵免實際排放量，而是把排放權放到市場上出售，獲取暴利。在第二階段，政府提高了許可權拍賣的比例，并降低了電力部門的發放上限，迫使電力企業采取措施降低碳排放。

三是微觀數據的缺失問題。歐盟排放交易體系試運行時，工廠層次上的二氧化碳的排放數據是不存在的，排放權只能根據估計發放給企業，由此排放權發放過多、市場價格大幅波動等諸多問題。但歐盟利用三年試驗期，不斷地收集、修正企業層次上的碳排放的數據，現已建立龐大的能支持歐盟決策的關于企業碳排放的數據庫。