碳排放交易以雙邊形式進行，亦稱“場外交易（OTC）”，即實體未必清楚誰是交易對方。在場外交易情況下，由于單次交易無需將金融工具標準化，因此企業可設計滿足其風險對沖需求的合約。然而，場外交易可能存在一定的“交易對象風險”，即對方可能存在謊報或毀約情況。在此情況下，可通過第三方對交易進行“清算”降低相關風險。清算普遍用于交易所內更加標準化的金融工具交易。清算意味著第三方成為交易雙方的對方，而作為獨立第三方，其可確保交易雙方所述內容的真實性。

由于場外交易通常以雙邊形式進行，因此難以掌握其發生的頻率與時間，這令市場監管工作更加復雜。通過交易所進行的交易會公布價格與交易量，而且通常有頭寸總量與保證金要求，交易方還須具有特定會員身份，因此市場監管工作容易開展。除了限制交易物（場外交易或場內交易），市場監管條例可能還會要求交易方具備一定的報告與披露水平，而且全部交易均需經過清算所進行清算，同時要求交易方具備相關交易資質并/或遵守一定的頭寸總量。從當前歐洲的政策提案中可預見未來將加大對場外交易的監管力度。