一是更新部門名稱。按照國務院機構改革方案，調整管理部門名稱，將“環境保護主管部門”調整為“生態環境主管部門”。根據有關規定，將“所在地省級商務主管部門所屬的發證機構”調整為“國務院商務主管部門或者受國務院商務主管部門委托的地方商務主管部門”。

二是優化配額管理。對于進出口消耗臭氧層物質屬于原料用途、實驗室分析使用、出入境檢疫、來源為回收等的情形，國際環境公約規定無需進出口配額管理。此次明確了以上情形的進出口單位可以直接申請領取進出口審批單，刪除了在年度進出口配額指標內申領的限制性條件，符合國際環境公約要求和管理實踐。

三是規范申請材料。新修改的《中華人民共和國對外貿易法》不再要求對外貿易經營者辦理備案登記，此次修訂也作了相應調整，不再要求提交“對外貿易經營者備案登記表”。《危險化學品安全管理條例》已經對危險化學品生產、儲存、使用、經營單位取得相應許可證件進行了規定，《管理辦法》中不再重復要求。

四是調整法律責任。新修改的《消耗臭氧層物質管理條例》對“進出口單位無進出口許可證或者超出進出口許可證的規定進出口消耗臭氧層物質的”，以及“以欺騙、賄賂等不正當手段取得消耗臭氧層物質進出口配額、進出口審批單、進出口許可證的”違法行為都有明確的法律責任規定，《管理辦法》不再重復。另外，進出口消耗臭氧層物質已實現全流程電子化審批，進出口審批單、進出口許可證均為電子證件，相關審批信息在生態環境部、商務部和海關總署之間實現了實時閉環傳輸與共享，完全可以避免倒賣、出租、出借進出口審批單或者進出口許可證的行為，無需再規定倒賣等違法行為的法律責任。