據了解，碳金融交易起源于市場機制在應對負外部性的應用，依托于政府規制形成的碳排放的稀缺性，故碳金融交易較傳統的金融行為面臨更大的政策風險。同時，由于碳金融交易標的和內容的復雜性、交易額的杠桿性、交易時間的跨期性、交易結果的不確定性等特征，傳統金融領域的市場風險、流動性風險、操作風險、信用風險和項目風險在碳金融交易中顯現出異質性。

碳排放具有公共物品的非競爭性與非排他性，是市場外部性在環境維度的體現。碳交易根源于政府制定的減排目標以及不同市場主體減排成本的差異性。碳金融交易的標的物是碳排放的金融衍生產品，在傳統的“一行三會”的金融政策之外，還受國際排放協定、排放目標等政策法規變動的影響。1997年《京都議定書》提出國際排放交易機制、清潔發展機制、聯合履約機制三項減排機制以來，歷經了哥本哈根會議、德班會議、多哈會議等多次成員國會談，碳金融交易政策談判雖然取得了一定進展，但步履維艱，關于后京都時期的排放協定，尚未達成一致意見，政策的不確定性影響了市場主體的心理預期與行為選擇。以歐盟排放交易體系為代表的總量控制交易體系，在減排目標、拍賣時機與額度、登記注冊制度以及京都減排量抵減政策的變動，給碳金融交易帶來了較大的沖擊。

碳金融政策風險主要包括兩個方面：其一，究其本質，碳排放指標的交易基于政策和法律所構造的稀缺性，政策的可持續性對市場存續具有決定性影響；其二，減排認證的相關規定可能引發交易風險。減排單位是由監管部門根據一定的標準對其進行認證。由于技術發展存在不確定性以及宏觀碳金融政策可能發生變化，關于認證的程序及標準也會發生變化，而減排項目的跨國屬性，使其必然會受到相關國家政策和法律的影響。

與傳統金融領域的政策風險不同，碳金融交易政策風險的影響具有外生性和全局性，其風險一旦發生，將會對碳金融交易項目產生根本性影響，甚至可能直接決定碳金融交易體系的存廢。同時，碳金融交易風險的不確定性較高。首先，單個國家對待減排的政策不確定，如加拿大2011年宣布退出《京都議定書》。各國的碳減排承諾是以全球經濟穩定發展為前提的，是在權衡收益成本的基礎上進行的選擇。短期內，碳金融交易將對本國能源密集型部門造成沖擊，若無法及時訴諸技術創新，減排活動將會缺乏動力。其次，國際減排協定存在不確定性。雖經過多次會議，但并未就后京都時期的排放細則形成一致意見。由于碳金融交易在本質上對政策的顯性依賴以及碳排放影響本身的跨區域特性，國際減排能否達成一致對現行區域性的碳金融交易市場的運行以及未來全球統一市場的建立影響深遠。此外，由于碳減排政策涉及國與國、政府與企業等多方面主體間利益的權衡與博弈，其影響的廣泛性提升了風險預防與控制的難度。