如何避免三條控制線“打架”？對此，《意見》提出要協調解決沖突，并給出了具體解決辦法。

根據《意見》，當三條控制線出現矛盾時，生態保護紅線要保證生態功能的系統性和完整性，確保生態功能不降低、面積不減少、性質不改變；永久基本農田要保證適度合理的規模和穩定性，確保數量不減少、質量不降低；城鎮開發邊界要避讓重要生態功能，不占或少占永久基本農田。

目前已劃入自然保護地核心保護區的永久基本農田、鎮村、礦業權逐步有序退出；已劃入自然保護地一般控制區的，根據對生態功能造成的影響確定是否退出，其中，造成明顯影響的逐步有序退出，不造成明顯影響的可采取依法依規相應調整一般控制區范圍等措施妥善處理。協調過程中退出的永久基本農田在縣級行政區域內同步補劃，確實無法補劃的在市級行政區域內補劃。

同時，為了解決沖突問題，《意見》還要求統一數據基礎。以目前客觀的土地、海域及海島調查數據為基礎，形成統一的工作底數底圖。已形成第三次國土調查成果并經認定的，可直接作為工作底數底圖。相關調查數據存在沖突的，以過去5年真實情況為基礎，根據功能合理性進行統一核定。

此外，《意見》提出自上而下、上下結合，實現三條控制線落地。具體來看，國家明確三條控制線劃定和管控原則及相關技術方法；省（自治區、直轄市）確定本行政區域內三條控制線總體格局和重點區域，提出下一級劃定任務；市、縣組織統一劃定三條控制線和鄉村建設等各類空間實體邊界。跨區域劃定沖突由上一級政府有關部門協調解決。