《方案》中設定配額「履約缺口上限」，其值為經核查排放量的20%。即當重點排放單位配額缺口量占其經核查排放量比例超過20%時，其清繳義務最高為免費配額量加20%的經核查排放量。為鼓勵燃氣機組發展，當燃氣機組經核查排放量不低于核定的免費配額量時，其配額清繳義務為已獲得的全部免費配額量。除上述情況外，重點排放單位應在規定期限內通過系統向省級生態環境主管部門清繳不少于經核查排放量的配額量。