項目的注冊（Registration）是『指定經營機構』在完成審定CDM項目的合格性之后，使用『CDM項目活動注冊和審定報表』、項目設計文件、東道國書面批復和有關評價問題的解釋等資料，準備好審定報告。然后使用UNFCCC秘書處提供的基于互聯網的電子文件提交工具，向秘書處傳遞項目注冊的申請。提交了所有文件信息后，『指定經營實體』會自動收到一個唯一的編號，可用來確認注冊費的轉賬情況和查詢注冊審批的進展。秘書處將決定DOE提交的有關項目注冊的所有文件和信息是否齊全。在注冊費先行繳納和秘書處發出關于申請注冊文件齊全的確認之后，『項目注冊的申請』就算是正式開始并在UNFCCC的CDM網站上公示至少8個星期。

　　在注冊環節中，項目參與方需繳納注冊費。注冊費是作為CDM行政管理費用收益分配(SOP-Admin,Share of Proceeds for Administration )的一部分應繳款來收取的，具體金額則按照項目活動計入期內預計每年的減排量來計算的。每年15000噸二氧化碳當量內的CERs需交納0.10美元/CER；超出15,000噸以上的部分按0.20美元/CER收取。無論多大的項目，注冊費的總額均不超過350,000美元。每年預計減排量低于15,000噸二氧化碳當量的項目活動不需要交納注冊費。