《條例》明確了全國碳市場配額分配思路和方向，配額實行免費分配，并根據國家有關要求逐步推行免費分配和有償分配相結合的方式。

在賴曉明看來，有償分配機制的引入可以進一步增強企業“排碳有成本、減碳有收益”的低碳發展意識，通過有償分配形成的一級市場可以提供最基本的流動性和履約保障，同時一級市場的價格也可以對二級市場形成參考和聯動，進一步發揮碳定價功能。

《條例》全面加強碳排放權交易活動風險防范和管理。將禁業限制人員參與交易、操縱市場、擾亂市場秩序等違法違規活動全面納入交易監管。操縱市場和擾亂市場秩序的方式包括但不限于欺詐、惡意串通、散布虛假信息等。

賴曉明認為，相關罰則體現了碳市場的嚴肅性，也對正常按照規定購入配額完成清繳的企業起到了保護作用。

此外，為保障市場公平，《條例》特別明確生態環境主管部門、其他對碳排放權交易及相關活動負有監督管理職責的部門、注冊登記機構、交易機構、技術服務機構的工作人員（以下簡稱禁業限制人員）均不得參與碳排放權交易。

明確監督管理體制，是加強碳排放權交易管理的重要方面，也是制定《條例》的重要目的之一。《條例》明確，國務院生態環境主管部門負責碳排放權交易及相關活動的監督管理工作，其他有關部門按照職責分工負責碳排放權交易及相關活動的有關監督管理工作；地方人民政府生態環境主管部門負責本行政區域內碳排放權交易及相關活動的監督管理工作，其他有關部門按照職責分工，負責本行政區域內碳排放權交易及相關活動的有關監督管理工作。

為提升監管效能，《條例》還規定國務院生態環境主管部門建立全國碳排放權交易市場管理平臺，加強對碳排放權交易及相關活動的全過程監管，并與有關部門實現信息共享。