重要生態功能保護區屬于禁止和限制開發地區，而且主要分布在老、少、邊、貧的山區或是少數民族自治區。為了保護良好的生態環境，限制、禁止開發這些地區，當地就要付出財政成本和發展機會成本。因此，必須盡快建立完善生態補償制度，保證功能區規劃落到實處。

清新的空氣、清潔的水源、宜人的氣候等生態產品與農產品、工業品一樣，都是人類生存發展所必需的。生態產品的主體功能體現在改善生態環境質量、水源涵養、水土保持、保護生物多樣性等。因此，生態產品不僅能使某一個地區或者某一家企業受益，而是具有社會性。黨的十八屆三中全會提出，要健全自然資源資產產權制度和用途管制制度，劃定生態保護紅線，實行資源有償使用制度和生態補償制度，改革生態環境保護管理體制。可見，生態補償制度是生態文明制度體系的重要組成內容，是推進生態文明建設的基本制度保障。

首先，生態補償制度可促進生態區轉型發展。建立生態補償制度就是要實現人與自然和諧發展，對資源的開發利用要建立在生態系統的自我恢復能力可承受范圍之內，實現可持續發展。以湖南省江華瑤族自治縣為例，近年來，自治縣大力實施生態立縣戰略，編制了《江華瑤族自治縣國家級生態縣建設規劃》，并根據自然條件將全縣劃分為4個生態經濟區，實施生態林業、生態農業、生態工業、生態旅游業，實現經濟轉型發展。

其次，生態補償制度可促進生態區持續發展。《全國主體功能區規劃》制定了優化開發、重點開發、限制開發、禁止開發等政策。限制開發、禁止開發區大多是經濟欠發展的邊遠山區，如果沒有生態補償制度保障，生態功能區保護就難以取得實效。

第三，生態補償制度可均衡生態區發展機會成本。生態補償制度加強了對生態功能區的扶持力度，使生態功能區內的民眾在心理上取得平衡，進而提高其保護生態的積極性。比如，江華瑤族自治縣境內礦產資源豐富，多金屬成礦帶貫穿。但是，為推動湘江源頭地區全國生態文明先行示范區建設，江華瑤族自治縣將進一步擴大禁采區范圍，對原已設置的礦業權不再給予延續，并制定相應的退出補償和賠償機制。

第四，生態補償制度可彌補生態區財政民生成本。限制、禁止開發，生態保護區就要付出財政民生成本。生態補償制度通過一定的政策手段實現對生態環境保護投資者的合理回報，增強生態產品的生產和供給能力，激勵人們從事生態環境保護投資并使生態環境資本增值，使生態環境保護成為自覺的行為。