從成本投入方面，經過近幾年的實踐，國內積累了不少經驗。其中在交易全過程方面，國內的碳排放核查核算階段和實際交易階段相對成型。但在保證減排可持續性方面。容易忽視交易完成后的日常監管階段。這三個階段才能構成完整的碳交易鏈。

碳交易鏈每個階段都存在不同程度的成本計人。在各實體的碳配額核算上就存在各種成本。除了財力、物力、人力投入的可見成本外，還有核算過程自身產生的碳排放問題。比如深圳市在建立交通運輸行業碳排放核算方法體系中。需要調研深圳市交通運輸行業企業碳排放環節和運行情況，確定交通運輸行業溫室氣體排放核算邊界和排放類型，完成《深圳市公交出租企業、港口企業、航空企業和軌道交通企業碳排放核算方法》，這一過程的計算勢必會牽涉自身盤查的碳排放，這部分的核算如何計量，也應該納入碳排放成本核算中。

此外，在碳交易環節，一旦成功。對于購買方會使用減碳額度，第三方監管將后續跟進，對于售出方，其未來的生產生活中的是否可以持續進行自身減排，這也需要第三方的監管。不能只統計交易本身的直接成效，還應該考慮到交易后續的監管產生的排放成本、交易雙方履約后其他環節的碳排放有無溢出等。將其計算在整個交易鏈中。不僅如此，我們實施碳交易的目的是可持續地減少碳排放，而可持續的衡量標準、如何對參與主體進行可持續水平的跟進，也都會產生較大的制度成本。

除了成本方面．目前出臺的管理辦法對企業違約約束方面也沒有清晰界定。這一方面反映了政策制定者沒有把握碳交易市場機制的瓶頸，另一方面則與減排市場相關聯的企業信用體系不完善有關。要想使得碳市場有效且持久，就必須建立全面的企業信用、政府信用和個人信用，在這基礎上把碳減排從義務變成強制，把排放上升到信用高度，將碳排放目標納入政府考核目標，這樣的碳市場才能匯集多方的信任。