一是全市范圍內(nèi)實施的一致性稅額對主體功能區(qū)空間需求差異考慮不足。根據(jù)規(guī)定，2018年~2020年，重慶對全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當量的環(huán)保稅稅額；從2021年起，對全市氣體污染物和液體污染物分別征收3.5元和3元每當量的環(huán)保稅稅額。然而，重慶市內(nèi)不同主體功能區(qū)功能定位不同，區(qū)域內(nèi)的經(jīng)濟發(fā)展水平、人口分布狀況以及生態(tài)環(huán)境保護能力等區(qū)情迥異。當前，在全市范圍統(tǒng)一征收的一致性稅額，實際上是沒有考慮主體功能區(qū)空間需求差異的“一刀切”式環(huán)保稅。這種“一刀切”式的環(huán)保稅，不利于從區(qū)域?qū)用鏍I造公平的稅收環(huán)境，不同主體功能區(qū)以及區(qū)域內(nèi)的企業(yè)應對措施就顯得參差不齊，且主體功能區(qū)之間的板塊聯(lián)動、資源配置優(yōu)化和整體效能的發(fā)揮受到了極大影響。例如，重慶主城、渝西片區(qū)及渝東南片區(qū)承擔著不同主體功能區(qū)的發(fā)展定位和發(fā)展任務，而現(xiàn)行環(huán)保稅稅額的設定未考慮此類區(qū)域發(fā)展戰(zhàn)略定位差異，拉大了區(qū)域綠色發(fā)展差距。

二是流域一體化視角下環(huán)保稅制度設計的協(xié)同機制不完善。我國現(xiàn)行環(huán)保稅由中央政府立法，地方政府根據(jù)各地情況自行制定本省市具體稅額，因而往往忽視了環(huán)保稅在跨省級行政區(qū)域尤其是跨省級流域上的協(xié)同合作。如三峽庫區(qū)范圍主要涉及重慶和湖北兩地，從全流域視角來看，隸屬重慶和湖北兩地的三峽庫區(qū)實際上是一個不可分割的完整地理單元。然而，上述區(qū)域現(xiàn)行環(huán)保稅皆以傳統(tǒng)行政區(qū)為基本單元，環(huán)保稅額標準各異。

其中，重慶對全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當量的稅額；湖北則對全省廢氣中的二氧化硫和氮氧化物征收2.4元每當量的稅額，其余氣體污染物征收1.2元每當量的稅額，廢水中的化學需氧量、氨氮、總磷和5項主要重金屬征收2.8元每當量，其余液體污染物征收1.4元每當量的稅額。重慶是保障三峽庫區(qū)補水和水質(zhì)的關(guān)鍵地段，與湖北省相比，重慶環(huán)保稅在污染物稅額和污染物細化層面上都與重慶特殊區(qū)情不太相稱，不利于推進流域整體性的生態(tài)環(huán)境治理。

三是全市環(huán)保稅對特殊污染物稅額設定缺少精細化。重慶現(xiàn)行環(huán)保稅僅按氣體污染物和液體污染物的總體排放量征稅，未加以細化分類。由于不同類型的氣體污染物和液體污染物對環(huán)境的破壞作用不盡相同，這種相對單一的稅種設定不利于分類施策和精準治理。以上海、天津和湖北等地為例，不僅分別對二氧化硫、氮氧化物、化學需氧量和氨氮等進一步細化了環(huán)保稅種，且對環(huán)境破壞較大的氣體和液體污染物設置了更高的稅率。當前，相對粗放型和籠統(tǒng)化的環(huán)保稅，在很大程度上避開了越來越占據(jù)污染來源絕大多數(shù)的特殊污染物。