2013年9月5日，歐盟委員會公布其對于EU ETS 第三階段實施NIMs的決定，確定在EU ETS第三階段，總簽發 EUA 配額數量為153億tCO2e，其中免費分配 EUA 數量為66億t CO2e，占總量的 43%；拍賣和新入者預留的配額數量為87億t CO2e（拍賣數量81億7千萬tCO2e，新入者預留5億3千萬tCO2e，占總量的 57%。

2013年為歐盟28國及歐洲自由貿易區成員（EEAcountries，Iceland, Liechtenstein and Norway）設置的排放配額為20.84億t CO2e。在 2013年之后的每一年，這個每年發放配額的上限將在 2008~2012年配額總量平均值的基礎上逐年減少1.74％。從絕對數字來看，這意味著配額總量將每年減少0.38億t CO2e。由于配額總量的減少，預計到2020年固定裝置的排放量將會比2005年低21％。

與固定裝置配額不同，航空部門配額在2013~2020年交易期間每年保持不變。年配額總量為2.10 億tCO2e航空配額，比 2004~2006 年基準期的年平均航空排放量下降了 5％。

在第三階段，EU ETS覆蓋的行業及受控氣體的種類有所增加。另外 EU ETS受控的排放設施的配額分配將不再受成員國的控制，而是由歐盟委員會制定統一的配額分配方案。但是，雖然受控氣體種類增加，行業覆蓋范圍擴大，參與成員國增至31國，但年均配額總量由第二階段的20.83億tCO2e（歐盟 27 國）下降至第三階段的19.13 億tCO2e（歐盟 28 國加 EEA-EFTA3 國），下降比例達8.2%，這進一步說明歐盟在很大程度上縮緊了配額。