目前我國環境治理主要運用三個手段，即指標控制、項目審批、價格補貼，與傳統計劃經濟時期的管理方式非常相似。在市場化進程中，政府的這三種經濟管理手段都在進行改革，環境監管領域的改革相對滯后。

一是指標控制?！笆晃濉币巹澲惺状沃贫?個節能減排約束性指標，“十二五”規劃增加到7個。這些年，節能環保部門把大量精力放在這幾個指標的分解下達、檢查落實上。這里涉及到如何對待政府制定的指標問題。從上世紀90年代開始，國家就對計劃體制進行了大幅度改革。計劃指標從原來的約束性指標，總體上轉變為預測性、指導性指標；新設的幾個節能環保指標則堅持了約束性，完不成就要對地方問責。計劃經濟時期制定和下達指標要經過幾上幾下、綜合平衡；分解下達節能環保約束性指標則主要靠公式，地方與中央討價還價的余地比較小。每個五年規劃中，節能環保約束性指標剛下達時完成起來很難，但經過努力都能完成。這種相關主管部門自己定指標、自己下達、自己統計、自己考核，缺少第三方參與的指標控制方式，是否客觀、公正、有效，還有待進一步驗證。

二是項目審批。環評報告審批、節能評估報告審批是各類建設項目的前置審批事項。對這兩個環節有關部門把關很“嚴”，企業投入與耗時較長。環評和節能評估一旦通過，實際執行情況往往很難掌控，存在著“重前期審批、輕過程監管”的問題。

三是價格補貼。為了將企業經濟活動的外部成本內部化，世界各國采取的措施都是“誰污染、誰治理”，或者“污染者付費制度”。而我國使用價格補貼作為治理排放的經濟手段，凡脫硫、脫硝的發電企業，國家上調上網電價和銷售電價，補貼其增加的成本，也就說“企業污染，消費者付費”。很多發電企業不按規定運行脫硫、脫硝設施，電價補貼就會變成利潤留在企業。消費者出了錢，實際減排效果卻未達預期。