2013年10月，深圳市人民政府法制辦公室公布了《深圳市碳排放權管理暫行辦法（征求意見稿）》，管理辦法共八章八十二條，對配額管理、量化報告、核查與履約、碳排放權登記、碳排放權交易、監督管理等制定了詳細的管理細則。

根據管理辦法，深圳市配額分配分為有償分配和無償分配兩種方式。有償分配包括固定價格出售、拍賣等方式。主管部門在每年第一季度向控排單位簽發無償分配的配額，電力、燃氣、供水行業基于行業基準進行配額分配，制造業企業則采用最優行業碳強度基準線和競爭博弈分配方法。

無償分配的配額數量在下一年度要根據實際排放數據和生產數據進行調整，發電企業實際配額數量等于實際發電量乘以目標碳強度（碳配額=發電量×碳強度標準<9E型天然氣發電機組碳強度標準為4.96Tco2-e/萬kwh>），主管部門依據企業通過第三方機構核查過的溫室氣體排放報告，根據核定后的實際配額數量與預分配配額數量的差值進行增發或扣減。

管理辦法規定，控排單位應當于每年6月30日前向主管部門履行履約義務。控排單位向主管部門提交的配額數量和可使用的核證自愿減排量（ccer）之和與其上一年度實際碳排放量相等的，視為完成履約義務。控排單位未在規定時間內提交足額配額或CCER履行提交義務的，由主管部門責令限期補交與超額排放量相等的配額；逾期未補交的，由主管部門從其登記賬戶中強制扣除；不足部分由主管部門從其下一年度配額中直接扣除，并處超額排放量乘以履約當月之前連續六個月碳排放權交易市場配額平均價格三倍的罰款。

從管理辦法和實際實施情況看，深圳以碳強度下降作為硬性約束指標，控制碳排放配額總量并進行配額分配。發電企業最終獲得無償分配的配額數量是根據實際發電量對預分配量進行調整，而基于行業基準的碳強度指標始終不變，無償分配的配額數量能否滿足履行減排義務的實際碳排放量取決于發電企業實際碳強度（實際碳排放量/實際發電量）與行業基準值孰低孰高。如實際碳強度高于行業基準值，企業應要考慮增加投入節能減排成本以降低碳強度且可申請核證自愿減排量（CCER）或者從深圳碳排放權交易市場購入碳排放權彌補超額排放量產生的配額缺口，避免高額罰款。而對于技術和管理水平比較先進的發電企業，如果企業實際碳強度比行業基準線更低的話，可以獲得相對富余的無償分配的配額數量，并在碳交易中獲利。