重點生態功能區分為限制開發的重點生態功能區和禁止開發的重點生態功能區。限制開發的重點生態功能區包括《全國主體功能區規劃》確定的甘南黃河重要水源補給生態功能區、祁連山冰川與水源涵養生態功能區，《甘肅省主體功能區規劃》確定的“三屏四區”重點生態功能區。禁止開發區域包括《甘肅省主體功能區規劃》中確定的及新設立的國家級和省級自然保護區、世界文化自然遺產保護區、風景名勝區、森林公園、地質公園、濕地公園。

　　1.限制開發的重點生態功能區。嚴格控制溫室氣體排放增長。制定嚴格的產業發展目錄，嚴格控制開發強度，限制新上高碳工業項目，逐步轉移高碳產業，對不符合主體功能定位的現有產業實行退出機制，因地制宜發展特色低碳產業，以保護和修復生態環境為首要任務，努力增加碳匯，引導超載人口逐步有序轉移。在條件適宜地區，積極推廣沼氣、風能、太陽能、地熱能等清潔能源，努力解決農村特別是山區、高原、草原地區農村能源需求。加大黃土高原、青藏高原等氣候變化脆弱地區生態工程建設與扶貧力度，加強國家扶貧政策和應對氣候變化政策協調，推動貧困地區加快脫貧致富的同時增強應對氣候變化能力，研究建立貧困地區應對氣候變化扶持機制。（省發展改革委、省工信委、省國土資源廳、省農牧廳、省環保廳、省建設廳、省扶貧辦、省氣象局等部門）

　　2.禁止開發區域。依據法律和相關規劃實施強制性保護，嚴禁不符合主體功能定位的各類開發活動，按核心區、緩沖區、實驗區的順序，引導人口逐步有序轉移，逐步實現“零排放”。嚴格保護風景名勝區內自然環境。禁止在風景名勝區從事與風景名勝資源無關的生產建設活動。根據資源狀況和環境容量合理核定最大旅游承載量。加強生物多樣性保護，根據氣候變化狀況科學調整各類自然保護區的功能區。（省發展改革委、省國土資源廳、省建設廳、省旅游局、省環保廳、省林業廳等部門）