歐盟排放交易體系的開放性主要體現在它與《京都議定書》和其他排放交易體系的銜接上。歐盟排放交易體系允許被納入排放交易體系的企業在一定限度內使用歐盟外的減排信用，但是，它們只能是《京都議定書》規定的通過清潔發展機制(Clean Development Mechanism，CDM )或聯合執行 (Joint Implementation，JI) 獲得的減排信用，即核證減排量或減排單位。在歐盟排放交易體系實施的第一階段，核證減排量和減排單位的使用比例由各成員國自行規定， 在第二階段，該使用比例不得超過歐盟排放總量的6%，如果超過6%，歐盟委員會將自動審查該成員國的計劃。 

此外，通過雙邊協議，歐盟排放交易體系也可以與其他國家的排放交易體系實現兼容。例如，挪威二氧化碳總量交易體系與歐盟排放交易體系已于2008年1月1日實現成功對接。